本會日據時代隸屬新高郡集集街社子段，集集街成立信用組合後，水里為其分場，光復後集集街改為集集鎮，信用合作社改名為集集鎮農會，水里為其辦事處﹔民國四十年行政區域重新劃分後成立水里鄉，將其辦事處改名為「水里鄉農會」。
隨著業務量之發展，陸續於民國四十八年設立上安分部、五十四年設立民和分部、五十九年設立玉峰分部，以服務偏達村落之會員、擴展本會之業務。
南投水里鄉附有天然優質的水質，氣候得天獨厚，非常適合農業生產。由於日夜溫差大，孕育而成的水果味美、品質絕佳，主要作物有：青梅、葡萄、香蕉、小番茄、甜柿、臍橙、荔枝、咖啡等多種優質水果及農作物，為「水果之都」。
水里是梅子故鄉，範圍內現有梅園農村社區等八個社區，利用在地產業特色與經濟事業連結。本會設有「梅產品行銷小組」、「農民購物中心」及「車埕真梅館」服務梅農銷售，而既有的商品有梅精、酵素梅精、梅醋、梅子醬油、果凍，都是結合在地梅子的創新商品，銷售非常的好。