在台灣農業發展與轉型的過程中，農會超市是農會創新的事業体，1984年起農委會積極輔導農會設立農會超市，以建構農產品優質、安全、多元行銷通路，迄本(2010)年全國計已設立150家農會超市，提供農產品便捷的行銷通路，整合發揮農產品價值鏈效益，創造農民及消費者雙贏局面。
2006年農委會農糧署積極輔導農漁會超市成立財團法人台灣農漁會超市中心，期望未來逐步整合農會超市及農產品行銷資訊，協助拓展多元產銷通路，以一體化整合為目標。
「創造顧客，追求品質，確保利益，永續經營」是中心的核心價值目標，超市中心處於承先啟後關鍵時刻， 自2006年起全力投入一連串物流整合與變革，將生鮮水、畜產商品化、青蔬果農藥殘留安全檢測，藉由中心物流配送系統，送至各農會生鮮超市及其他通路，強化農漁會超市產品品質，提升競爭力。